杨浦知识创新区在空间上覆盖区域全境，以“三区联动”为发展的指导方针进行合作、互动。“大学的城市、城市的大学”——根据区域内高校的分布状况，高校校区规划为西区、东区和北区三个区域，西区规划以复旦大学、同济大学、财经大学等为核心;东区规划以上海理工大学、上海海洋大学为核心;北区规划以中国人民解放军第二军医大学、上海体育学院为核心。另外复旦附中、交大附中、控江中学、杨浦高级中学、同济大学第一附属中学、上海理工大学附中、市东中学、上财附中等上海市名牌高中也云集杨浦。因而杨浦被称为上海的“学术区”，在教育质量方面具有相当优势。
NO.1复旦大学
NO.2同济大学
NO.3上海财经大学
NO.4上海理工大学
NO.1复旦大学附属中学
NO.2交大附中
NO.3控江中学
NO.4杨浦高级中学
NO.5同济大学第一附属中学
NO.1上海理工大学附属中学
NO.2市东中学
NO.3上海市复旦实验中学
NO.4上海财经大学附属中学
NO.5同济中学
No.6中原中学
NO.1上海市少云中学
NO.2民星中学
NO.1优学教育
NO.2精锐教育
NO.3学而思教育
NO.4新东方教育
NO.5昂立教育